A amônia é realmente perigosa, especialmente se liberada em grandes quantidades. Geralmente, os desafios de segurança da amônia são administráveis por meio de melhores práticas e padrões industriais amplamente utilizados, que permitem que mais de 200 milhões de toneladas de amônia sejam produzidas com segurança em mais de 60 países de diferentes níveis de renda. Muitos milhões de toneladas são armazenadas e transportadas todos os anos por meio de caminhões, oleodutos e navios-tanque. Em comparação com outros gases tóxicos liquefeitos e pressurizados usados em todo o mundo, o número de acidentes e mortes causados pela amônia é proporcionalmente muito baixo. No entanto, como o hidrogênio, a amônia é uma substância que precisa de medidas de segurança e controle cuidadosos.
A amônia só deve ser manuseada por operadores treinados em um ambiente controlado e EPI relevante. A amônia pode ser fatal se inalada em altas concentrações. No entanto, seu odor pungente pode ser detectado em concentrações tão baixas quanto 5 ppm, muito abaixo dos níveis perigosos. Além disso, como a amônia gasosa é menos densa que o ar, ela pode se dissipar muito rapidamente.